С 2012 по 2016 год Станислав Овчинников являлся частью тренерского штаба сборной России, начав свою работу под руководством Фабио Капелло, а затем продолжив с Леонидом Слуцким. В своем интервью он поделился, как оказалась в команде, когда его пригласила Элизабет Бартоше. Сначала Капелло отнесся к нему настороженно, о чем Овчинников не размялся, сказав, что не собирается вмешиваться в его дела. При этом сумма вознаграждения вызвала недовольство тренера, что привело к его уходу из кабинета RFU. Позже предложение улучшили, и он принял условия.
За одним столом с Фабио и его помощниками они обсуждали лицензии, и когда Овчинников упомянул о своей, уровень авторитета в глазах итальянцев резко поднялся. Вскоре он получил должность помощника тренера, что благоприятно сказалось на отношениях с Капелло. По словам Овчинникова, после прихода Черчесова в 2016 году, он сосредоточился на работе в ЦСКА и в ноябре прошлого года занял пост директора академии «Локомотива».